Schwierig sind einzellige Grünalgen, die wir unter dem Begriff Wasserblüte kennen. Sie gehören zu den Jochalgen. Wasserblüte kann man nicht mit Frischwasser bekämpfen. Am besten ist es, wenn man das Becken verdunkelt. Allerdings sollte man während dieser Zeit keine Fische herausnehmen und keine hinzusetzen. Das Wasser wird nämlich sehr sauerstoffreich. Wer es sich leisten kann und genügend Geduld aufbringt, sollte das Wasser ausblühen lassen, denn die Wasserblüte verschwindet von allein eines Tages genau so schnell, wie sie kam.
Ganz allgemein kann man sagen, dass es kein zuverlässiges Mittel gibt, Algen zu bekämpfen. Grünalgen beweisen fast immer den guten Zustand des Aquariums. Braunalgen deuten auf zu wenig Licht hin. Hier kann man Abhilfe schaffen. Für andere Algen schafft man sich am besten Fische an, die Pflanzenkost benötigen. Viele Lebendgebärende, aber auch fast alle anderen Fische, nehmen zusätzlich Algen.