Die gehören zu den Grünalgen und sind leicht an ihrer Gestalt zu erkennen. Bei ihnen zusagenden Bedingungen durchziehen sie in kurzer Zeit das ganze Aquarium. Sie sind deshalb unbeliebt, aber sie zeigen fast immer an, dass das Wasser in Ordnung ist. Man entfernt sie nur schwer. Eine alte und recht zuverlässige Methode ist das Aufwickeln der Algenfäden mit einem rauhen Holzstab. Man muss diese Arbeit aber konsequent durchführen, sonst ist der Erfolg negativ. Süßwasserfische fressen normalerweise keine Fadenalgen, aber Meeresfische nehmen sie gern. Man kann solche Büschel als ausgezeichnetes Laichsubstrat im Zuchtaquarium einsetzen. Gerade zwischen Fadenalgen halten sich oft Unmengen einzelliger Lebewesen auf, die den frischgeschlüpften Jungfischen als erste Nahrung dienen. Manche Arten sind empfindlich gegenüber weichem und saurem Wasser. Auch Gerbstoff mögen sie nicht. Hier kann man mit Korkrinde oder Kokosnußschalen Erfolg haben.
Andere Fadenalgen sind kürzer und bedecken vor allem die Pflanzen. Die Bekämpfung ist schwierig, wenn sie Überhand genommen haben. Oft helfen pflanzenfressende Fische. Auch Gerbstoff kann helfen.